El nombre honra la memoria del Cacique Mara, quien según leyenda fue un poderoso jefe indígena caribe, que logró dominar toda la región occidental del Zulia. Mara es voz de origen caribe que denomina a un árbol maderable al igual que una especie de canasto.

Durante los siglos XVI, XVII y XVIII, el territorio que hoy representa el municipio Mara estuvo bajo el dominio de Maracaibo.

En 1856 la mayor parte de este territorio formaba parte del Cantón Maracaibo, el resto formaba parte del Cantón Perijá.

Con la creación del Distrito Pulgar por derecho del Presidente del Zulia, General Venancio Pulgar, el 27 de diciembre de 1872, se inicia un largo proceso de evolución geopolítica que concluyó en la creación del Distrito Mara, hoy Municipio Autónomo Mara.

Este proceso comprendió una serie de transformaciones desde 1874, cuando por Decreto de la convención del Estado Soberano del Zulia se origina la primera conversión en Departamento San Rafael, que conformado por el mismo territorio sufre posteriormente su primer fraccionamiento tras la creación del Territorio Federal Guajira en 1881 y la conversión en Distrito San Rafael el que es sesgado de su autonomía por decisión de la misma Legislatura el 26 de diciembre de 1884, cuando por "las peligrosas dificultades para la administración pública de la agrupación de los municipios San Rafael y Sinamaica en un Distrito por su desarmonización y rivalidades", se decreta la adhesión de sus territorios al Distrito Maracaibo, el que a partir de esos momentos ejercería su administración.

Esta decisión provocó el rechazo generalizado de la población y no fue acatada por considerarse arbitraria e inconsecuente para con esta entidad "que solo aspiraba a razón de sus disputas, una conformación más acorde con la realidad poblacional y económica de la zona".

Con esta justificación las instituciones del poder local (Concejo Municipal) siguieron ejerciendo sus funciones, a pesar de estar al margen del marco legal. Con la disolución del estado Falcón-Zulia, el 3 de mayo de 1890, se gesta un gran movimiento entre las autoridades y los vecinos de San Rafael de El Moján, con el propósito de que se restituyera la categoría de Distrito y con ello la autonomía político-administrativa.

El 7 de junio de 1890, el pueblo encabezado por Don Candelario Oquendo y el Presbítero Carlos Fuenmayor eleva dicha petición al Presidente del estado Zulia, General Ramón Ayala, quien por Decreto de la misma fecha restituye su categoría con el nombre de Distrito Mara, en honor al mitológico aborigen defensor del territorio lacustre. Bajo ésta se realizan entonces una serie de reordenamientos internos, entre ellos la división de los partidos rurales que conformaban la antigua Parroquia San Rafael desde su instauración el 9 de diciembre de 1843, ya que del asentamiento de monte Claro Alto se crea el Muncipio Ricaurte; de la misma forma, son nuevamente adicionados al territorio las islas que conforman el archipiélago del estrecho de Maracaibo que pasaron a integrar los municipios Monagas, con sede en la isla de San Carlos y Padilla con sede en El Toro (isla de Toas).

Ya en 1902 existe como Distrito, conformado por cuatro Parroquias: San Rafael, Ricaurte, Padilla y Monagas. En 1914 se crea el Municipio Luis De Vicente, con sede en la población de Carrasquero.

En 1989 se cambia la denominación de Distrito por la actual de Municipio y se separan las parroquias Padilla y Monagas para formar el nuevo Municipio Almirante Padilla.